پس از سفرها و مراجعتهاي متعدد به اصفهان، مشهد و نجف تصميم به سفر حج گرفت و با شيخفضلالله نوري همسفر شد. شيخفضل الله ارادت زيادي به وي نشان داد؛ به شكلي كه وقتي «شريف مكه» براي برطرف شدن نياز خود به او مراجعه ميكند، شيخفضلالله، حاج شيخحسنعلي را براي برآورده شدن اين حاجت معرفي ميكند.
از سال 1327 قمري تا پايان عمر به مدت 34سال در مشهد ساكن شد و در ابتدا به تدريس فلسفه و عرفان پرداخت.
وي بسيار به شرع پايبند بود و ميگفت: «طريقه حقير طريقتي است كه تمام مطالب شرع را نهايت اهتمام دارد، خلاف باقي طرق كه به مطالب شرعيه خيلي بياعتنا هستند.» و در جاي ديگر گفته بود: «حقيقت را بايد از شريعت تحصيل نمود. حقير طالب اين مقام و سالك اين راه بوده و بستگان حقير را نيز اعلام كنيد كه حقيقت را كه ما در طلب آن هستيم بايد از همين شريعت تحصيل كنيم نه از جاي ديگر به همان نحو كه ائمه (ع) رفتار نموده و مشايخ ما تحصيل كردهاند.» و اين پايبندي به احكام و شرع را ميتوان در جاي جاي سخنان و نوشتههاي ايشان ديد.
شاگردان
از شاگردان ايشان ميتوان به آقايان حسنعلي مرواريد، عباس قمي، محمود حلبي، محمدباقر ملكي ميانجي، حسن مصطفوي، سيد عبدالعلي موسوي سبزواري و... اشاره كرد.
وفات
حاج شيخحسنعلي نخودكي اصفهاني در 17شعبان1361 قمري مطابق با هفتم شهريور 1321 شمسي در 79 سالگي در مشهد دار فاني را وداع گفت و جنازهاش در ميان انبوه جمعيت تشييع شد و طبق وصيتش در صحن عتيق حرم امامرضا(ع) دفن شد