پس از تأسيس دفتر تبليغات اسلامي و در پي رهنمودهاي حضرت امام خميني(ره) به منظور بالا بردن سطح آگاهي‌هاي فرهنگي، اجتماعي و سياسي طلاب، فعاليت‌هاي آموزشي دفتر تبليغات اسلامي با هدف فراهم آوردن زمينه و امكانات آموزشي در عرصه‌هاي علوم اسلامي و انساني و بازبيني نيازهاي آموزشي، توسعه و گسترش مراكز علمي و آموزشي حوزوي و ارتباط با مراكز دانشگاهي، شكل گرفت.
در سال 1370 با اخذ موافقت اصولي از شوراي عالي گسترش، مؤسسه آموزش عالي باقرالعلوم(ع) راه‌اندازي گرديد.
مؤسسه آموزش عالي باقرالعلوم(ع) با رويكرد تعريف و راه‌اندازي رشته‌هاي علوم انساني- اسلامي مورد نياز عرصه‌ي فرهنگ، با اخذ مجوز قطعي از وزارت علوم، تحقيقات و فناوري در سال 1384 با عنوان دانشگاه باقرالعلوم(ع) فعاليت آموزشي خود را استمرار بخشيد.
هم اكنون بخش آموزشي دفتر و دانشگاه باقرالعلوم(ع) با 3 دانشكده «علوم سياسي، اجتماعي و تاريخ»، «معارف، فلسفه و كلام اسلامي»، «دانشكده زبان‌هاي خارجي(عربي، انگليسي و فرانسه)» و 4 مركز تخصصي «آموزش‌هاي علوم اسلامي»، «تربيت مربي كودكان و نوجوانان»،  «فرهنگي- كاربردي»، «ادبي و هنري» و 7 گروه مستقل آموزشي در مشهد و 5 گروه مستقل در اصفهان و 2 «كتاب خانه تخصصي» با بيش از 59000 عنوان كتاب به زبان‌هاي فارسي، ‌عربي و انگليسي و با بهره‌مندي از 270 نفر استاد برجسته و 34 نفر عضو هيئت علمي از نيروهاي فاضل و توان مند حوزوي و دانشگاهي و حضور سالانه بيش از 2000 طلبه- دانشجو و با استفاده از روش‌هاي آموزشي حوزوي و دانشگاهي به كانون تربيت نيروي انساني متخصص مورد نياز سازمان‌ها و نهادهاي فعال در عرصه‌ي فرهنگ تبديل گرديده است.
انتشار 22 عنوان كتاب و 5 عنوان نشريه (فصلنامه هاي تخصصي علوم سياسي، تاريخ اسلام، آيين حكمت و فصلنامه هاي دانشجويي فرهنگ پژوهش و ظهور)، برگزاري 31 همايش و سمينار علمي، تدوين بيش از 1000 پايان‌نامه در عرصه‌هاي مختلف علوم انساني– اسلامي، كسب ده‌ها رتبه كشوري در جشنواره‌هاي مختلف، عقد 12 تفاهم‌نامه با مراكز و دانشگاه‌هاي داخل و خارج از كشور و مشاركت در برگزاري دوره‌هاي آموزشي روحانيون حج و تربيت اساتيد معارف اسلامي دانشگاه‌ها، گوشه‌اي از فعاليت‌هاي دفتر تبليغات اسلامي در امور آموزشي مي‌باشد.
سايت رسمي اين دانشگاه www.bou.ac.ir مي باشد.
دانشكده‌ها، مراكز و بخش‌هاي وابسته به معاونت آموزش و دانشگاه باقرالعلوم(ع) عبارتند از: